1、占比不達標。研發(fā)人員不達標，研發(fā)費用占比不足，高品收入占比不達標。某企業(yè)不注重規劃，年底企業(yè)銷(xiāo)售收入激增，導致年底找研發(fā)費用的情況頻發(fā)。某研發(fā)型科技企業(yè)沒(méi)有提前規劃，年度入賬政府補貼800萬(wàn)，導致補貼收入大于自產(chǎn)銷(xiāo)售收入，高新技術(shù)產(chǎn)品收入占比不達標。1.比例不達標。R&D人員不達標，R&D費用占比不足，優(yōu)質(zhì)產(chǎn)品占比不達標。某企業(yè)不注重規劃，年末銷(xiāo)售收入激增，導致年末研發(fā)費用頻繁。某R&D科技企業(yè)未提前規劃，錄得年度政府補貼800萬(wàn)元，導致補貼收入大于自產(chǎn)銷(xiāo)售收入，高新技術(shù)產(chǎn)品收入占比不達標。

2.不同系統對相同數據的報告不一致。統計季報、火炬年報和高年報數據不一致。某企業(yè)不重視高新技術(shù)內容的申報，導致稅務(wù)系統與高新技術(shù)系統之間R&D費用、員工總數、R&D人員數量不一致，導致重新認定時(shí)稅務(wù)解釋困難。

3.年度火炬報告中有很多交叉核對的關(guān)系。錯誤不能報告，警告不能合理解釋。某科技企業(yè)在填報過(guò)程中，系統總是會(huì )報警，導致不能按時(shí)報送。

4.錯過(guò)了報告時(shí)間?？萍紡d通知周期短，系統用戶(hù)多，截止時(shí)間系統將在中華人民共和國科技部關(guān)閉。

5.對技術(shù)術(shù)語(yǔ)(基礎研究與開(kāi)發(fā)、科技成果、新產(chǎn)品定義、人員與項目關(guān)系)理解不當導致填寫(xiě)錯誤，影響三年后高申報。一個(gè)新認定的高科技企業(yè)，不知道怎么填這些數據。

6.R&D費用占銷(xiāo)售收入的比例不達標。坪山新區某公司最后導致去年R&D費用嚴重偏高，稅務(wù)部門(mén)認為存在數據采集偏高的嫌疑。

7.費用之間的比例和項目之間的分配不合理。例如，項目間費用的平均分配，R&D費用結構表中的平均分配，乍一看，就是專(zhuān)家的R&D費用。

8.采集口徑。不能收取的費用，如福利費、招待費等，目前按照《高新技術(shù)企業(yè)R&D費用原則》、《高新技術(shù)企業(yè)工作管理指引》第195號收取，附加扣除收取原則為《財政部、科技部國家稅務(wù)總局關(guān)于完善R&D費用稅前附加扣除政策的通知》，財稅[2015]119號， 以及《中華人民共和國國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)R&D費用稅前附加扣除政策有關(guān)問(wèn)題的公告》，中華人民共和國國家稅務(wù)總局公告2015年。

9.原始憑證不能證明是R&D費用。某科技企業(yè)的證據鏈不完整，無(wú)法證明R&D費用的真實(shí)性。

10.組織和協(xié)調。由于涉及到很多相關(guān)部門(mén)，部門(mén)之間的合作存在很大問(wèn)題，難以明確部門(mén)的職責。

1、“做”賬。財務(wù)管理制度和內部控制制度不健全，R&D費用很容易由單獨的財務(wù)部門(mén)“制造”。

12.專(zhuān)業(yè)限制。財務(wù)人員對高專(zhuān)業(yè)水平有局限性，對高財務(wù)的理解不清晰。

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